Desa Pegundungan berada di wilayah Pemerintah Kecamatan Pejawaran,Kabupaten Banjarnegara, Propinsi Jawa Tengah dengan kondisi geografis yang di kelilingi Pegunungan dengan ketinggian 1.300 - 1.500 meter di atas permukaan laut. Jarak Desa Pegundungan dari pusat pemerintahan adalah sebagai berikut :

Jarak dari pusat pemerintahan Kecamatan : 5 km

Jarak dari pusat pemerintahan Kabupaten : 38 km

Desa Pegundungan mempunyai luas wilayah 366,41 hektar dengan batas-batas :
Sebelah selatan : Desa Majasari Kec. Pagentan
Sebelah barat : Desa Pejawaran Kec. Pejawaran
Sebelah utara : Desa Sidengok Kec. Pejawaran
Sebelah timur : Sungai Dolok

Lahan di Desa Pegundungan mempunyai tingkat kemiringan yang bervariasi. Curah hujan rata – rata sebesar 1.382 mm dengan jumlah hari hujan rata– rata 120 hari. Bulan basah 6-7 bulan, sedangkan bulan kering berkisar antara 4-6 bulan. Musim hujan dimulai pada bulan Oktober – November dan pada bulan Mei -Sep terjadi musim kemarau pada setiap tahunnya. Puncak curah hujan dicapai pada bulan Desember – Februari. Suhu udara rata – rata setiap hari berkisar 26 derajat celcius, suhu minimum 16 derajat celcius, dan suhu maksimum 29 derajat celcius.