Desa pegundungan berdiri pada tahun 1813 M yang dipimpin oleh kepala desa pertama yaitu Ahmad Nawi. Dalam sejarahnya, dahulu kala ada sebuah desa yang bernama Desa Pager Gunung yang terletak di sebelah barat desa yang sekarang bernama Desa Pegundungan. Di Desa Pager Gunung penduduknya tidak pernah bertambah, setiap ada yang lahir pasti ada yang meninggal sehingga penduduknya tidak pernah bertambah. Pada suatu hari ada seorang pendatang yang bernama Mbah Glundung, beliau hidup seorang diri, mendirikan rumah untuk berteduh. Seiring berjalannya waktu, banyak penduduk Desa Pager Gunung yang pindah ke tempat Mbah Glundung dikarenakan sudah tidak aman lagi. Semakin lama penduduk di daerah tersebut semakin bertambah banyak dan kemudian tempat tersebut diberi nama Pegundungan diambil dari nama orang yang pertama mendirikan tempat tersebut.